Por Araceli En 2005 retornó a Italia y durante el período 2005 – 2009, vistió la camiseta de diversos clubes, camisetas magic johnson uno por temporada. Ed, Edd y Eddy se centra en la vida de los Eds, tres chicos preadolescentes cuyos planes para estafar a los miembros de su vecindario (un callejón cerrado o cul-de-sac) y poder comprar caramelos son, generalmente, la base de sus desventuras durante lo que parecen ser unas interminables vacaciones de verano. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales. En esa temporada, Atlético Nacional fue invitado para participar de la primera edición, dejando en el camino a América de Cali, Santiago Wanderers y Nacional de Montevideo para llegar a la final. El año 2004 no tuvo mayores satisfacciones para Nacional. Pese a la debacle en la final de la Copa Sudamericana, Alexis García siguió al mando técnico de Nacional para el año 2003, en el cual el equipo verdolaga no pudo llegar a la final de los torneos Apertura (puesto 14) y Finalización (segundo, pero en los cuadrangulares fue tercero del Grupo B).
En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación frente a sus rivales Millonarios F. C., Cúcuta Deportivo y el Deportivo Pasto (campeón de ese torneo). En el torneo finalización de 2007 Nacional clasificó al cuadrangular final luego de pasar la fase de todos contra todos con 38 puntos y ocupando el primer ligar, en los cuadrangulares se enfrentó al América de Cali, al Cúcuta Deportivo y a Once Caldas, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá. El primer partido, disputado en el estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia. Nacional clasificó al cuadrangular final del Torneo Apertura, donde se enfrentó al Deportivo Cali, al Boyacá Chicó y a Independiente Santa Fe, obteniendo el primer lugar y del derecho a disputar la final frente al Atlético Huila. En 2005, el primer año en que se realizaba la Copa Ciudad de Santa Fe, dennis rodman camisetas Atlético Nacional se coronó como campeón. Fue organizada por el Club Atlético Colón, equipo de fútbol argentino. Pero en la segunda, el equipo se desinfló y no pudo mantener el ritmo de Atlético de Madrid y del Sevilla F. C., que lucharon hasta el final por el título, logrado por los rojiblancos.
A pesar de haber llegado hasta octavos de final de la Copa Sudamericana y de haberle empatado 3-3 al América de México en los Estados Unidos, en el partido de vuelta Nacional cayó goleado por 1-4 en Medellín y a partir de ahí no volvió a ganar ningún partido en el torneo colombiano y sufrió la llamada «Fiebre amarilla», ya que perdió con todos los equipos cuyo color representativo era el amarillo (como el América de México, Atlético Bucaramanga, Atlético Huila, etc). No obstante al apoyo de su público, Atlético Nacional, orientado por Alexis García cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, lo cual dejó la final prácticamente decidida. A pesar de la victoria, el equipo tenía un desempeño irregular y golpes muy duros, como la derrota 3:2 en los cuartos de final de la Copa de la Liga frente al clásico rival, Boca Juniors. Nacional llegó hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga Deportiva Universitaria de Quito.
Pese a ello, en la Copa Sudamericana 2003, Nacional eliminó a Deportivo Pasto y Liga de Quito. Juan Ignacio Ramírez Delantero Nacional Traspaso. Juan José Peláez tomó la dirección técnica con jugadores como Freddy Grisales, Aquivaldo Mosquera y Milton Patiño, entre otros, con los cuales llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo y el que le diera la corona a Junior en el estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano. El 27 de noviembre de 2002 se jugó el partido de ida en el Estadio Atanasio Girardot lleno de espectadores. En el partido de ida, jugado en Buenos Aires, el equipo colombiano se impuso por 0-1 con gol de Edixon Perea. De esta forma el conjunto paisa se consagró como el único equipo colombiano en vencer a Boca Juniors en «La Bombonera» en partidos oficiales. En cuartos de final, enfrentó a Boca Juniors.