Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. Uli Hoeneß (expresidente del Bayern de Múnich). Tras las protestas de los aficionados tras la eliminación, Paco Gómez, decide apartarse de la presidencia del club, y elige al cartagenero Francisco de Paula Gutiérrez Linares como presidente ejecutivo del club, aunque continúa siendo el dueño del mismo. Marca. Consultado el 2 de diciembre de 2018. «El Comité Ejecutivo de la UEFA aprobó la creación de una tercera competición de clubes de la UEFA para el ciclo de competición 2021-2024, denominada UEFA Conference League».
En la jornada 25, tras empatar en casa ante el CP Cacereño, el equipo cae a puestos de descenso a Tercera División. En la jornada 36, el equipo pierde 0-2 ante el Real Betis B, cayendo a puestos de promoción de descenso a Tercera División. El 8 de noviembre de 2009 tiene lugar en el Estadio Nueva Condomina el derbi entre el Real Murcia CF y el F.C Cartagena saldándose con victoria del equipo visitante por 1-4 con más de 8000 cartageneros en las gradas. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. Cuatro conjuntos españoles, tres alemanes, dos italianos, dos ingleses y uno francés para un total de 12 se encuentran dentro de los que lideran dicha disgregación, y desde 2004 alguno de ellos ha resultado campeón de la Liga de Campeones. A falta de 5 jornadas para la finalización de la Liga Adelante (Segunda División), el Cartagena se encontraba en posición de ascenso a la Primera División.
Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División. El equipo comienza dubitativo, pero poco a poco va afianzándose en Liga, igualando la marca de seis victorias consecutivas de la temporada anterior. Desde entonces la competición pasó a ser conocida como La Liga, otrora Campeonato Nacional de Liga y denominación relegada a un segundo plano. La temporada 2014-2015 no arranca bien en lo deportivo, con eliminación copera tras el primer enlace y renqueante marcha en el campeonato liguero. Además de estos trece mencionados, los clubes brasileños campeones son Bahía, Coritiba, GuaranI y Sport, un total de 17 clubes campeones del Campeonato Brasileño, siendo el Atlético Paranaense habiendo tenido un enorme crecimiento en patrimonio e ingresos en el Siglo XXI, pasando a ser considerado, por tanto, considerado uno de los grandes del fútbol brasileño por gran parte de la prensa nacional.
En la nueva temporada se mantiene el bloque y se mantiene toda la temporada en puestos de Promoción de Ascenso a Segunda División a pesar de una lamentable gestión en el mercado de invierno en el que deja ir a Chus Hevia , Óscar Rico y el delantero Fernando Rodríguez pide su marcha, tras un escándalo ajeno a lo deportivo, no se consigue fichar a ningún delantero, tan solo a Germán Sáenz procedente del Real Murcia. Se contrata a Víctor Fernández de entrenador, pero su falta de experiencia como técnico lastra al equipo, tras perder el derbi en Nueva Condomina por 2-0 y tras esto varios resultados negativos, tras la derrota 0-1 ante el Sevilla Atlético se decide prescindir de los servicios de Víctor. La directiva, a pesar de la clasificación para las eliminatorias por el ascenso a Segunda División, decidió rescindir el contrato del técnico Pacheta. El 29 de agosto de 2009, el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas.
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